Hallo Janelver,
Ik houd niet zo van programma's die, ondanks dat je ze uitschakeld, maar eigenwijs die instellingen ongedaan maken. Microsoft vind het zeker belangrijk om die instellingen te omzeilen.
Blijkbaar wordt er een service gestart die de instellingen in msconfig controleerd. Je kan proberen om die service de nek om te draaien:
Ga naar het configuratiescherm > Systeembeheer en klik met de rechtermuisknop op het icoontje Service, start deze als Administrator. Blader in het scherm naar de naam Skype en klik daar met de rechtermuisknop op (de Skype updater kun je ongemoeid laten. Kies eigenschappen en selecteer bij opstarttype voor uitgeschakeld, kies toepassen. Sluit alles af en vergeet niet de vinkjes in msconfig nog eens weg te halen. Herstart de computer.